定遠縣總醫院位于定遠縣城東新區。2008年6月，為了有效整合縣級醫療機構資源，避免重復投資建設，打造區域醫療中心，在原縣人民醫院和縣中醫院兩所二級甲等醫院的基礎上組建縣總醫院，對縣人民醫院和縣中醫院實行統一行政管理、統一資源使用和統一人員調配。定遠縣總醫院為非營利性二級甲等綜合性醫院，為社會公益類事業法人單位，承擔全縣的醫療、教學、科研、預防、保健、康復等工作。總院設立管理機關，根據職責和工作任務，管理機關內設7個職能機構，分別為辦公室、人力資源股、質量與科技管理股、財務股、后勤股、市場發展規劃發展股、審計股。并按規定設立了工會、團委。
總院下設定遠縣人民醫院、定遠縣中醫院、藥品器材采購管理中心、急救中心、滁州血站定遠采血點、永康分院等醫療分支機構。組成機構分布包括總醫院新區、南門門診部、曲陽路門診部、花園湖門診部、永康分院。
縣總醫院新區占地168畝，總投資3.12億元，2009年4月份開工建設，2012年5月投入使用。縣總醫院現有在職職工1156人，其中，高級職稱31人、中級職稱260人。醫院擁有臨床病區21個，開設一級臨床科室15個，臨床二級專業組25個，醫技科室13個，門診部4個，醫療輔助科室3個，建筑面積7.5萬平方米；開放床位845張，擁有擁有直線加速器、DSA數字減影血管造影儀、核磁共振、螺旋CT、大型X光機等先進的診療設備；2014年度，醫院年門急診就診人數48.05萬人次，出院人數4.7萬人次；實現年業務收入3.47億元。
近年來，縣總醫院充分發揮農村三級衛生服務網絡的龍頭作用，培訓基層醫務人員，試點醫師多點執業，推動雙向轉診工作、承擔并指導全縣院前急救和衛生應急醫療救治工作。作為全國和安徽省縣級公立醫院改革試點單位，2012年10月15日,醫院實行了藥品零差率銷售，降低核磁共振、CT等大型醫療設備收費，提高護理費、手術費等服務收費；建立以醫管會為核心的法人治理結構，形成了政府有效監管、醫院自主發展的管理運行模式；在藥品集成配送、醫保支付改革、專家會診補償、分工協作機制、收入分配制度、服務能力提升等六個方面進行積極探索。建立了“重點學科發展基金”，大力發展優勢學科，現有省級重點中醫專科2個。同時，醫院利用信息技術，優化醫療服務流程、強化內部科學管理、加強城鄉分工協作，實現了上聯省級三甲醫院、下接鄉村醫療機構的遠程會診教學活動。
長期以來，縣總醫院積極落實各項惠民、便民政策措施，廣泛開展“創先爭優”、“三好一滿意”和“優質護理示范工程”等優質服務活動，把群眾滿意度作為考核重要指標，發揮績效考核的導向作用，調動醫務人員工作積極性，竭誠為廣大人民群眾提供優質、價廉、安全、高效的醫療衛生服務。
總院的成立標志著該縣按照十七大報告提出的“深化公立醫院改革”和“管辦分開”的要求，充分整合了現有的縣級公立醫療衛生資源，正式邁上規模化、科學化發展的道路。總院將通過進一步深化干部人事制度和分配制度改革，建立權責明晰、富有生機、運轉高效的管理體制和有責任、有約束、有激勵、有競爭、有活力的運行機制，逐步探索和建立公立醫院法人治理結構，進一步完善現代化醫院管理制度；以總院為平臺，積極吸納社會資金，開展多種形式合作，做好城東新區醫院和縣中醫院建設，共同發展該縣醫療衛生事業,為全縣廣大人民群眾提供安全、有效、方便、價廉的醫療衛生服務。
