中醫(yī)內(nèi)科學(xué)教育部重點實驗室積極參加了國家科技部九五、十五、十一五計劃中的973和863科學(xué)研究、主持承擔(dān)了國家自然科學(xué)基金科研課題;獲得國家科技進步二等獎1項，教育部科技進步一等獎3項，中華中醫(yī)藥學(xué)會科學(xué)技術(shù)一等獎1項;新藥轉(zhuǎn)讓2項，獲專利1項。2002～2006年我院在國內(nèi)各級醫(yī)學(xué)專業(yè)雜志上發(fā)表論文共1489篇，其中教學(xué)類論文37篇，在國際學(xué)術(shù)期刊發(fā)表論文43篇，被SCI收錄的33篇，出版各類著作110部。科研為醫(yī)療和教學(xué)奠定了堅實的基礎(chǔ)。醫(yī)院走上了科學(xué)管理的道路，采用了信息管理系統(tǒng)，使各種數(shù)據(jù)的提取更便捷、更科學(xué)。

2010年4月 抗震救災(zāi)醫(yī)療隊獲“北京市模范集體”榮譽稱號;2010年10月 北京地區(qū)中醫(yī)、中西醫(yī)結(jié)合、民族醫(yī)醫(yī)療機構(gòu)醫(yī)療服務(wù)信息網(wǎng)工作二等獎;2010年11月 北京市中醫(yī)管理局第二屆“上工杯”學(xué)術(shù)演講比賽單位組織獎;2010年12月 北京中醫(yī)藥學(xué)會“先進團體會員單位”;2011年1月 北京市協(xié)作者社會工作發(fā)展中心北京協(xié)作者優(yōu)秀志愿服務(wù)團體獎;2011年1月 北京市無償獻血突出貢獻獎;2011年4月 北京市中醫(yī)管理局中醫(yī)院管理年活動及中醫(yī)醫(yī)療機構(gòu)績效考核評估優(yōu)秀獎;2011年7月 北京地區(qū)中醫(yī)醫(yī)院醫(yī)療質(zhì)量檢測一等獎;2011年8月 北京地區(qū)中醫(yī)醫(yī)院管理年活動優(yōu)秀獎;2011年10月 第二屆北京市職工健身健康博覽會優(yōu)秀組織獎;2011年08教改團支部獲共青團北京市委員會首都大學(xué)、中專院校“先鋒杯”競賽評選“優(yōu)秀團支部”稱號;2011年 CCTV音樂“歌聲與微笑”最佳組織獎;2010年4月 東城區(qū)人口和計劃生育工作先進集體;2011年3月 東城區(qū)無償獻血先進單位;2011年3月 東城區(qū)人口和計劃生育工作先進集體;2011年4月 東城區(qū)衛(wèi)生防病工作先進集體;2010年7月 北京中醫(yī)藥大學(xué)慶祝中國共產(chǎn)黨成立八十九周年教職工合唱匯演最佳編排獎、優(yōu)秀組織獎;2010年11月 北京中醫(yī)藥大學(xué)“大醫(yī)國風(fēng)”北京中醫(yī)藥大學(xué)首屆文化節(jié)經(jīng)典朗誦會最佳組織獎;2010年12月 北京中醫(yī)藥大學(xué)就業(yè)工作標(biāo)兵單位;2011年1月 北京中醫(yī)藥大學(xué)平安校園綜合治理先進單位;2011年5月 北京中醫(yī)藥大學(xué)首屆輔導(dǎo)員、班主任羽毛球大賽團體賽優(yōu)秀獎;2011年6月 07中醫(yī)臨床七年制團支部獲北京中醫(yī)藥大學(xué)優(yōu)秀團支部;2011年6月 北京中醫(yī)藥大學(xué)慶祝中國共產(chǎn)黨成立九十周年"追逐夢想，唱響紅歌"教職工大合唱比賽最佳演唱獎;2011年7月 第一臨床醫(yī)學(xué)院學(xué)生黨總支獲北京中醫(yī)藥大學(xué)先進基層黨組織;2010年7月 北新橋地區(qū)超比例安置殘疾人就業(yè)先進單位;2011年1月 北新橋地區(qū)群眾體育突出貢獻獎;