中國人民武裝警察部隊新疆總隊醫院是自治區、烏魯木齊市和兵團城鎮職工基本醫療保險的定點醫療機構,,2005年11月14日,醫院掛牌“三級甲等”醫院;2006年7月28日,醫院又榮膺全軍“先進醫院”、全軍“信息化建設先進醫院”、全國百家”誠信醫院“、國家”A級守信醫院“、通過ISO9001:2000國際質量認證五項殊榮。2006年官兵就診滿意率達到98.6%。
醫院以肝膽外科為龍頭的專科建設成效顯著,為武警新疆總隊醫院邁入全軍先進醫院打下良好基礎。醫院的腎結石體外碎石術走在自治區前列,成功地完成了全髖和全膝置換術、鼾癥治療術、心臟永久起搏器植入術、腎移植術等多項新技術,使醫院取得了良好的社會效益和經濟效益。