很多的疾病以及病毒都可能會引起皰疹性的咽峽炎，最主要的原因是病毒感染，常見的有柯薩奇A組病毒，EB病毒，皰疹病毒以及某些腸道病毒。有些病人本身的呼吸道的保護功能比較弱，呼吸道的粘膜稚嫩，難以分泌足夠的抵抗細菌以及病毒的免疫物質(zhì)，自潔能力差，加上部分病人本身過度勞累或者是過敏體質(zhì)都會引起免疫功能下降，從而讓皰疹性咽峽炎有機可乘。