大三陽小三陽一般會有定義不同、傳染性不同、病程分期不同等區別。

大三陽是指進行乙肝病毒兩對半的人體血清學檢測時，乙肝表面抗原、乙肝e抗原、乙肝核心抗體三項均為陽性狀態。小三陽與大三陽乙肝e抗原陽性不同，小三陽患者乙肝表面抗原轉陰，乙肝e抗體變為陽性。

大三陽病毒復制活躍，傳染性比較強，小三陽病毒復制不活躍，但可能仍有傳染性。

3病程分級不同：大三陽攜帶狀態處于免疫耐受期，而大三陽肝炎處于免疫清除期。小三陽攜帶處于免疫控制期，而小三陽肝炎處于再活動期。